Εξελίχθηκε σημαντικά από τα μέσα του 20ου αιώνα με την εφαρμογή νέων τεχνικών αναισθησίας και καλύτερης οργάνωσης των παιδιατρικών νοσοκομείων.
Ασχολείται με χειρουργικές παθήσεις νεογνών, βρεφών, παιδιών και εφήβων, που αφορούν το πεπτικό, αναπνευστικό, ουροποιητικό και γεννητικό σύστημα, εντοπίζονται στο θώρακα, την κοιλιά, τα μαλακά μόρια, τον τράχηλο, την ορθοπρωκτική χώρα και τα έξω γεννητικά όργανα. Είναι δε κυρίως συγγενείς ή επίκτητες ανωμαλίες, ανατομικές ή λειτουργικές, φλεγμονώδεις παθήσεις, νεοπλάσματα, τραύματα και εγκαύματα. Επίσης οι μεταμοσχεύσεις νεφρών, ήπατος και εντέρου διενεργούνται από εξειδικευμένους παιδοχειρουργούς σε ειδικά κέντρα.
Η βαθύτερη κατανόηση της παθολογικής ανατομικής και παθοφυσιολογίας των παιδικών παθήσεων ,καθώς και η ακριβέστερη διαγνωστική και θεραπευτική προσέγγιση, είχε σαν αποτέλεσμα μεγαλύτερο ποσοστό ίασης και καλύτερη ποιότητα ζωής, ιδιαίτερα για τις δύσκολες συγγενείς χειρουργικές παθήσεις της νεογνικής και βρεφικής ηλικίας. Συγχρόνως η εκπαίδευση των παιδοχειρουργών ώστε να χειρουργούν με τη μικρότερη δυνατή βλάβη των ιστών, είχε σαν αποτέλεσμα τη μείωση των διεγχειρητικών και μετεγχειρητικών επιπλοκών και την καλύτερη έκβαση των νοσημάτων αυτών.
Σημαντικός είναι και ο ρόλος του παιδοχειρουργού στην ομάδα προγεννητικής διάγνωσης / συμβουλευτικής , καθ’ όσο θα καθορίσει την αντιμετώπιση μιας χειρουργικής πάθησης, μετά τη γέννηση του νεογνού, πληροφορώντας τους γονείς για την προ- και μετεγχειρητική περίοδο, αλλά και για τη μετέπειτα πορεία του παιδιού τους, στη ζωή του.
Πολύ σημαντική επίσης η συνεργασία του με τον νεογνολόγο και το εξειδικευμένο νοσηλευτικό προσωπικό στη μονάδα εντατικής νοσηλείας νεογνών, μιας και τα πρόωρα νεογνά έχουν ανάγκη μεγάλης φροντίδας, λόγω της μειωμένης ενδομήτριας ανάπτυξης, του μικρού βάρους γέννησης, των συγγενών ανωμαλιών που πιθανόν φέρουν, της αναπνευστικής ανωριμότητας και του κινδύνου των λοιμώξεων.
Επίσης συνεργάζεται στενά εκτός του παιδιάτρου και με πολλές ειδικότητες της παιδιατρικής για την πληρέστερη διαγνωστική προσέγγιση της νόσου ή τη συνδυασμένη θεραπεία
Η ανάπτυξη της ενδοσκοπικής χειρουργικής την τελευταία δεκαετία στα παιδιά και γενικότερα η τάση της ελάχιστης θεραπευτικής παρέμβασης (minimal invasive treatment), οδήγησε σε ακόμα μεγαλύτερη βελτίωση των επιπλοκών και την καλύτερη έκβαση σημαντικού αριθμού νοσημάτων.
Με την εξέλιξη της αναισθησίας της αναλγησίας και των εγχειρητικών τεχνικών, έχει περιορισθεί ο χρόνος νοσηλείας (day clinic) σε μεγάλο αριθμό επεμβάσεων της παιδοχειρουργικής. Με αυτό τον τρόπο τα τελευταία χρόνια έχει επιτευχθεί ταχύτερη ανάρρωση, μείωση των λοιμώξεων, λιγότερος φόβος στα παιδιά, μικρότερη διαταραχή της οικογενειακής ζωής, λιγότερη επιβάρυνση του οικογενειακού προϋπολογισμού και ελάττωση της δυσφορίας των μεγάλων αναμονών.